Η έρευνα που διεξάγεται στο Τμήμα Γεωπονίας είναι βασική και εφαρμοσμένη και απαντά στα σύγχρονα προβλήματα του πρωτογενή και δευτερογενή τομέα, τόσο σε επίπεδο Κρήτης, όσο και ολόκληρης της Χώρας. Το διδακτικό προσωπικό διαθέτει τα κατάλληλα γνωστικά αντικείμενα και την απαιτούμενη επιστημονική επάρκεια, με πολυετές και διεθνώς αναγνωρισμένο ερευνητικό έργο, το οποίο έχει δημοσιευθεί σε έγκριτα επιστημονικά περιοδικά του γνωστικού πεδίου. Ανά γνωστικό αντικείμενο των μελών του διδακτικού προσωπικού υπάρχει συγκεκριμένος ερευνητικός προσανατολισμός ο οποίος επιτρέπει τη δημιουργία επιμέρους ευέλικτων ερευνητικών ομάδων, τη συνέργεια μεταξύ αυτών και άλλων γνωστικών αντικειμένων με κοινά στοιχεία στον ερευνητικό προσανατολισμό, καθώς και την από κοινού διεκδίκηση συναγωνιστικών προτάσεων χρηματοδότησης.
Η ερευνητική δραστηριότητα πραγματοποιείται οργανωμένα από τα τέσσερα (4) θεσμοθετημένα εργαστήρια που στόχο έχουν την κάλυψη των ερευνητικών και διδακτικών αναγκών του Τμήματος σε όλα τα επίπεδα σπουδών. Τα εργαστήρια διαθέτουν οργανωμένους ερευνητικούς χώρους άρτια εξοπλισμένους με σύγχρονα επιστημονικά όργανα για την υλοποίηση ερευνητικών δραστηριοτήτων και την εκπόνηση ερευνητικών διπλωματικών εργασιών. Σε κάθε εργαστήριο λειτουργούν επιμέρους ερευνητικές ομάδες που αυτοπροσδιορίζονται θεματικά ανάλογα με την ερευνητική τους δραστηριότητα. Τα θεσμοθετημένα εργαστήρια του Τμήματος είναι τα εξής: