Το Τμήμα Γεωπονίας χωρίζεται σε τρεις τομείς, τον Τομέα Αξιοποίησης Φυσικών Πόρων, τον Τομέα Φυτοπροστασίας και Βιοτεχνολογικών Εφαρμογών και τον Τομέα Οπωροκηπευτικών.

ΤΟΜΕΑΣ ΑΞΙΟΠΟΙΗΣΗΣ ΦΥΣΙΚΩΝ ΠΟΡΩΝ
Διευθυντής Τομέα: Δρ.  Τζανακάκης Βασίλειος, Επίκουρος Καθηγητής

ΤΟΜΕΑΣ ΦΥΤΟΠΡΟΣΤΑΣΙΑΣ ΚΑΙ ΒΙΟΤΕΧΝΟΛΟΓΙΚΩΝ ΕΦΑΡΜΟΓΩΝ
Διευθυντής Τομέα: Δρ. Τραντάς Εμμανουήλ, Επίκουρος Καθηγητής

ΤΟΜΕΑΣ ΟΠΩΡΟΚΗΠΕΥΤΙΚΩΝ
Διευθυντής Τομέα: Δρ. Καμπουράκης Εμμανουήλ, Επίκουρος Καθηγητής