Το Πρόγραμμα Προπτυχιακών Σπουδών του Τμήματος Γεωπονίας ολοκληρώνεται σε 5 ακαδημαϊκά έτη σπουδών (10 ακαδημαϊκά εξάμηνα). Κάθε εξάμηνο περιλαμβάνει 13 πλήρεις εβδομάδες (διαλέξεις, εργαστηριακές ασκήσεις, σεμινάρια, φροντιστήρια) και 4 εβδομάδες για εξετάσεις. Περιλαμβάνει 43 υποχρεωτικά μαθήματα Γενικού Υποβάθρου και Ειδικού Υποβάθρου κατανεμημένα σε 9 εξάμηνα, κοινά σε όλους τους φοιτητές και 12 μαθήματα Ειδίκευσης για κάθε μία από τις τρεις Κατευθύνσεις, τα οποία είναι κατανεμημένα στα δύο τελευταία έτη σπουδών (7ο, 8ο και 9ο εξάμηνο).
Οι φοιτητές με την ολοκλήρωση του 6ου εξαμήνου επιλέγουν μία από τις τρεις προσφερόμενες Κατευθύνσεις Σπουδών, οι οποίες είναι: α) Φυτοπροστασίας και Βιοτεχνολογικών Εφαρμογών, β) Αξιοποίηση Φυσικών Πόρων και γ) Οπωροκηπευτικών. Το πρόγραμμα σπουδών ολοκληρώνεται με την εκπόνηση της εξάμηνης Πτυχιακής Διατριβής στο 10ο εξάμηνο σπουδών και την τετράμηνη υποχρεωτική πρακτική άσκηση.
Για τη λήψη του πτυχίου, o φοιτητής πρέπει να συμπληρώσει κατά τη διάρκεια των σπουδών του κατ΄ ελάχιστον 300 πιστωτικές μονάδες ECTS (συμπεριλαμβάνεται η διπλωματική εργασία με 30 ECTS) και 20 μονάδες ECTS από την υποχρεωτική πρακτική άσκηση.
Το Τμήμα απονέμει τίτλο που είναι «Πτυχίο Γεωπονίας» το οποίο σύμφωνα με το ΦΕΚ 1920/τ. Β’/13-05-2021 ισοδυναμεί με το αγγλοσαξωνικό “Master of Science”. Ως εκ τούτου το πτυχίο του 5ετούς Προγράμματος Προπτυχιακών Σπουδών του Τμήματος Γεωπονίας είναι ένα Integrated Master το οποίο αντιστοιχεί στη Βαθμίδα 7 του Εθνικού και Ευρωπαϊκού Πλαισίου Προσόντων και υπό προϋποθέσεις μπορεί να οδηγήσει σε κύκλο απόκτησης Διδακτορικού Διπλώματος.