Αποστολή του Τμήματος Γεωπονίας είναι η παροχή προπτυχιακής και μεταπτυχιακής εκπαίδευσης υψηλής στάθμης στη σύγχρονη γεωπονική επιστήμη και τεχνολογία, καθώς και την προαγωγή της επιστήμης και της τεχνολογίας μέσω της βασικής και της εφαρμοσμένης έρευνας, δίνοντας τη δυνατότητα και για διδακτορικές σπουδές. Βασική επιδίωξη του Τμήματος αποτελεί η συνεχής προσπάθεια για βελτίωση της ποιότητας της εκπαίδευσης που παρέχει, ώστε οι απόφοιτοί του να διαθέτουν άρτια επιστημονική κατάρτιση και τα κατάλληλα ανταγωνιστικά προσόντα για επιτυχή επιστημονική και επαγγελματική σταδιοδρομία.
Στο πλαίσιο αυτό, το Τμήμα Γεωπονίας έχει ως όραμα:
1. Να οργανώνει, υλοποιεί και εξελίσσει αυτοδύναμα (αλλά και σε συνεργασία με Πανεπιστήμια της Ελλάδας και του εξωτερικού) προπτυχιακά, μεταπτυχιακά και διδακτορικά προγράμματα σπουδών, παρέχοντας πολύ υψηλής ποιότητας γνώσης και εξειδίκευση σε συναφή επιστημονικά και τεχνολογικά πεδία αιχμής.
2. Να παράγει σφαιρικά καταρτισμένους, ευαισθητοποιημένους, δραστήριους και αυτοεξελισσόμενους απόφοιτους υψηλών προσόντων με θεμελιώδεις γνώσεις, καθώς και με γνώσεις αιχμής στην επιστήμη και την τεχνολογία της Γεωπονίας, ικανούς να υπηρετήσουν δημιουργικά και παραγωγικά την επιστήμη τους.
3. Να προάγει την Γεωπονική Επιστήμη με τη διεξαγωγή υψηλού επιπέδου βασικής και εφαρμοσμένης έρευνας που να απαντά στα σύγχρονα προβλήματα του πρωτογενή και δευτερογενή τομέα, τόσο σε επίπεδο Κρήτης, όσο και ολόκληρης της Χώρας.
4. Να αναπτύσσει εκπαιδευτικές και ερευνητικές συνεργασίες, στο πλαίσιο εκπαιδευτικών, επιστημονικών, ερευνητικών και αναπτυξιακών προγραμμάτων, τόσο με εκπαιδευτικά και ερευνητικά Ιδρύματα όσο και με οργανισμούς και επιχειρήσεις του δημόσιου και ιδιωτικού τομέα, σκοπεύοντας ιδιαίτερα στη μεταφορά τεχνογνωσίας και την τεχνολογική ανάπτυξη.
5. Να δημοσιεύει το παραγόμενο ερευνητικό έργο σε έγκριτα επιστημονικά περιοδικά, βιβλία και άλλα δόκιμα επιστημονικά βήματα.
6. Να διοργανώνει, ή/και να συνδιοργανώνει αλλά και να συμμετέχει ενεργά διεθνή και εθνικά συνέδρια και δραστηριότητες εξωστρέφειας, συναφείς με το γνωστικό αντικείμενο.